Los proyectos de investigación a gran escala han empezado a proporcionar a los científicos el conocimiento sobre la colección completa de mutaciones genéticas en distintos tipos de cáncer, aunque hasta ahora una parte muy limitada de ese conocimiento se aplica a los pacientes. Una startup llamada Foundation Medicine tiene la esperanza de poder cambiar este hecho, llevando el análisis detallado de los genomas del cáncer al nivel clínico. La compañía, con sede en Cambridge, Massachusetts, posee varios investigadores líder de cáncer y genómica pertenecientes al área de Boston. Se formó en 2009 y consiguió sus primeros 25 millones de dólares de financiación este mes de abril, encabezados por la firma de capital riesgo Third Rock, con sede en Boston.

Muchos investigadores dedicados al cáncer creen que las terapias podrían ser más eficaces si se orientasen a las aberraciones genéticas generadas en el cáncer del paciente. En los últimos años, se han dado una serie de éxitos a la hora de seleccionar tratamientos contra el cáncer de esta manera: por ejemplo, el medicamento Herceptin puede ser eficaz en pacientes con cáncer de mama con una mutación específica en el gen HER2. Sin embargo, hasta ahora, este tipo de tratamiento específico contra el cáncer se ha limitado a unas pocas mutaciones genéticas encontradas en tipos concretos de cáncer, a pesar de que la mayoría de los cánceres se derivan de varias mutaciones genéticas combinadas. Foundation Medicine quiere crear una prueba que proporcione una visión completa de las aberraciones genéticas dentro de una muestra de cáncer.

El director general de Foundation Medicine, Alexis Borisy, cree que ha llegado el momento de empezar a pensar más allá de las mutaciones individuales. Los fármacos dirigidos a mutaciones genéticas específicas dentro del cáncer están "empezando a llegarnos de forma rápida y furiosa", señala. Sin embargo otros tipos de mutaciones podrían indicar que un medicamento no va a funcionar, lo que eliminaría la pérdida de tiempo con tratamientos ineficaces. Además los científicos han comenzado a descubrir que las mutaciones que se consideraban importantes en un tipo de cáncer también se pueden producir en otros: un medicamento para el cáncer de pulmón podría, en algunos casos, ayudar a un paciente con melanoma. Borisy cree que este descubrimiento en particular ilustra el hecho de que los pacientes con cáncer deben someterse a pruebas exhaustivas a la búsqueda de mutaciones genéticas conocidas. "Creemos que saber esa información puede tener un efecto profundo en el tratamiento", afirma.

La compañía tiene previsto desarrollar una prueba de laboratorio para médicos que analice la muestra de cáncer de un paciente a la búsqueda de aberraciones genéticas que pudieran ser influyentes en la toma de decisiones clínicas. Para empezar, la prueba se centrará en 100 genes que científicamente han demostrado desempeñar un papel dentro del tratamiento del cáncer y su progresión. Finalmente, a la compañía le gustaría incluir cualquier información genómica adicional que pudiera tener repercusión clínica. A largo plazo, se espera poder llegar a analizar no sólo los genes, sino la composición química de las muestras de cáncer. La prueba se llevaría a cabo en un laboratorio central, y el plan es ofrecer una interpretación de los datos y de cómo pueden influir en el tratamiento de un paciente. Borisy afirma que la prueba costaría pocos miles de dólares—en consonancia con otras pruebas clínicas contra el cáncer.

Borisy asegura que la compañía se está centrando en reunir cuatro áreas de especialización: la secuenciación genómica y el análisis, la biología del cáncer, la oncología clínica y las ciencias de la información. El primer desafío consiste en traducir las herramientas de investigación genómica en pruebas clínicamente útiles y fiables. A partir de ahí, la empresa tendrá que verificar la utilidad y la rentabilidad de estas pruebas dentro del entorno real del mundo clínico. Otro desafío será el de proporcionar a los médicos una información directa acerca de cómo interpretar los resultados y actuar en consecuencia.

Los consejeros científicos fundadores de Foundation Medicine son Eric Lander, director del Instituto Broad, un centro de investigación genómica en Cambridge, Massachusetts, así como tres figuras líder dentro de la genómica del cáncer en las escuelas médicas de Harvard y Broad: Todd Golub, Matthew Meyerson, y Levi Garraway. Myerson, afirma que el método de la compañía aprovechará el poder de la secuenciación genómica avanzada para dar a los médicos una información precisa sobre el cáncer de un paciente. "Una imagen relativamente detallada del genoma del cáncer es probablemente la mejor manera de obtener una buena comprensión sobre qué diagnóstico y qué tratamiento son los adecuados para el paciente", asegura.

Myerson también cree que tiene sentido actuar ahora, a pesar de que la capacidad de usar la toma de decisiones con determinadas alteraciones genéticas se encuentra todavía en su infancia. Borisy señala que en pocos años el Proyecto para el Atlas del Genoma del Cáncer, con financiación federal, habrá secuenciado decenas de miles de genomas del cáncer, con varios miles para cada tipo de cáncer. La compañía confía en el hecho de que estos esfuerzos proporcionarán información útil que podrá ser traducida a la práctica clínica.

"La idea es fabulosa," afirma Gerold Bepler, director general del Instituto Karmanos contra el Cáncer, en Detroit. "Creo que en el futuro esto va a revolucionar realmente la forma en que tratamos a los pacientes". La cuestión, añade, es si este concepto es verdaderamente algo que podemos llevar a cabo en este momento. Por ejemplo, uno de los obstáculos técnicos que se interpone en el camino de la genómica del cáncer y la atención al paciente reside en la forma en que se toman las muestras de cáncer. La mayoría de los estudios de investigación implican el uso de muestras frescas congeladas de las que es mucho más fácil extraer información; las muestras clínicas suelen ser químicamente fijas y estar incluidas en parafina, lo que puede llegar a alterar el estado químico de las células. Estas muestras también pueden poseer un nivel relativamente bajo de células cancerígenas con las que trabajar. Por eso, poder conseguir información exacta a partir de muestras clínicas del mundo real será un reto importante, especialmente si la compañía quiere ampliar su análisis a la química de los tipos de cáncer.