Mientras sufrimos el brote sin precedentes del nuevo coronavirus (SARS-CoV-2) que arrasa en todo el mundo, el material genético del patógeno (ver La copia sintética del coronavirus chino que podría acabar con él) podría contar no solo la historia de dónde vino, también la de cómo se propagó y cómo fracasaron los esfuerzos para contenerlo.

Al rastrear las distintas mutaciones del virus a medida que se propaga, los científicos están creando un árbol genealógico en casi tiempo real que podría ayudar a determinar cómo la infección está traspasando los países.

Un equipo de investigación en Brasil confirmó el primer caso de coronavirus en el país a finales de febrero, secuenciaron rápidamente su código genético y lo compararon con más de 150 secuencias ya publicadas online (la mayoría de China). El paciente, un hombre de 61 años de São Paulo, había estado ese mes en la región de Lombardía, en el norte de Italia, por lo que es probable que se contagiara en Italia. Pero la secuencia de su virus brasileño sugirió una explicación más compleja que vinculaba la enfermedad del paciente con la de un pasajero enfermo de China y con un brote en Alemania.

A medida que se propaga, el virus también muta, desarrollando cambios aleatorios en letras genéticas individuales en su genoma. Al rastrear esos cambios, los científicos pueden determinar su evolución y aprender qué casos tienen una relación más estrecha. Los últimos mapas ya muestran docenas de ramificaciones.

Los datos pueden seguirse en la página web Nextstrain, un proyecto de código abierto para "aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos del genoma del patógeno". Gracias a que los científicos publican estos datos a tanta velocidad, este es el primer brote cuya evolución y propagación ha podido ser rastreada con tanto detalle, y casi en tiempo real.

Foto: El "árbol filogenético" utiliza el genoma en evolución del coronavirus para vincular  casos y sugerir cómo se propaga. Créditos: Nextstrain.org

El trabajo de los detectives del genoma ayuda a mostrar dónde han fallado las medidas de contención. También demuestra claramente que el virus ha entrado en los países por distintas vías, no solo una. Al final, los datos genéticos podrían determinar la fuente original del brote.

En Brasil, los investigadores pudieron usar los datos genéticos para mostrar que su primer caso y el segundo, encontrado más tarde, no estaban relacionados, afirma el investigador de la Universidad de Oxford (Reino Unido) Nuno Faria. Las muestras del virus de los dos pacientes eran demasiado diferentes, lo que indica que debieron contagiarse en diferentes lugares.

"Cuando esto se combina con el historial de viajes de los pacientes, indica que los dos casos confirmados en Brasil son el resultado de distintas introducciones del virus en el país", escribió Faria en una explicación sobre sus hallazgos.

Foto: Los investigadores Jaqueline Goes de Jesus y Nuno Faria durante un estudio móvil del virus Zika en 2017. Estos investigadores ahora secuencian el nuevo coronavirus. Créditos: Laboratorio Faria

Como todavía no existe vacuna, los expertos aseguran que la mejor opción para detener el virus es mediante medidas agresivas de salud pública, como encontrar y aislar a las personas que han estado expuestas. Y ahí es donde el árbol evolutivo del virus resulta más útil, pues ayuda a rastrear la propagación del germen y a detectar dónde funciona la contención y dónde no.

Los datos genéticos muestran que el virus entró a Europa varias veces. Ahora también sugieren que un brote aparecido en Múnich (Alemania) en enero, sobre el que los investigadores creían que se había detectado pronto, tal vez no se contuvo con éxito.

Desde el 1 de febrero, aproximadamente una cuarta parte de las nuevas infecciones (en México, Finlandia, Escocia e Italia, así como el primer caso en Brasil) parecían genéticamente similares a las del grupo de Múnich, explica el experto del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson y uno de los creadores de Nextstrain, Trevor Bedford.

El "paciente 1" de Múnich era un hombre de negocios alemán de 33 años de Bavaria (Alemania) que empezó a sufrir dolor de garganta y escalofríos el 24 de enero. Los investigadores afirman que antes de ponerse enfermo se había reunido con una socia comercial que lo visitó desde Shanghái (China), quien más tarde dio positivo por el virus. En cuatro días, más empleados de la empresa, Webasto, dieron positivo. Y aunque la compañía cerró su sede, no fue suficiente. Según los datos genéticos, el brote de Múnich podría estar relacionado con una gran parte del brote europeo general, que incluye más de 3.000 casos en Italia. 

"Un mensaje extremadamente importante es que el hecho de que un grupo haya sido identificado y 'contenido' no significa que esos casos no hayan originado una cadena de transmisión que no haya sido detectada hasta que se convirtió en un gran brote", ha publicado Bedford en Twitter. Eso es exactamente lo que los detectives virales creen que ocurrió en el estado de Washington (EE. UU.), donde hace casi seis semanas se descubrió el primer caso. Sin embargo, en febrero, cuando secuenciaron el virus de un nuevo caso, descubrieron que compartía una mutación específica con el primero. Eso significaba que los dos casos estaban relacionados y que el virus había estado propagándose silenciosamente dentro de Estados Unidos todo el tiempo. Desde entonces, Washington ha confirmado 27 casos y nueve muertes, incluidas las personas que murieron antes de haber sido diagnosticadas adecuadamente.