Cuando la COVID- 19 empezó a propagarse a principios de 2020, los científicos se dieron cuenta de que el seguimiento de la mutación del virus sería esencial para la salud pública a medida que surgieran nuevas cepas que pusieran en mayor riesgo a las personas. Yatish Turakhia, por aquel entonces postdoctorando en el Instituto de Genómica de la Universidad de California en Santa Cruz (EE UU), ayudó a desarrollar una herramienta informática llamada UShER para rastrear estas variantes del coronavirus situándolas en un árbol genealógico de todos los genomas conocidos del SARS-CoV-2, en cuestión de minutos tras el envío de cada nueva muestra.  

La herramienta, disponible online desde 2021, contiene ya más de 15 millones de secuencias víricas, y los científicos la amplían a diario. Les ayuda a ellos y a los funcionarios de salud pública a descubrir nuevas cepas, asignarles nombres y seguir su evolución. También les permite vigilar el virus en tiempo real a escala mundial con un alto grado de precisión. 

Más recientemente, el equipo creó otra herramienta informática, denominada RIPPLES, que examina la extensa estructura del árbol genealógico de UShER e investiga si determinadas "ramas" de variantes pueden ser recombinantes, es decir, variantes híbridas genéticamente distintas.  

Antes del desarrollo de RIPPLES, el único método que tenían los científicos para identificar posibles recombinantes era recordar las mutaciones que habían detectado en otras variantes. RIPPLES automatiza ese proceso y permite a los expertos reconstruir la historia evolutiva del virus.  

"Nuestra comprensión global de cómo se propaga el coronavirus se habría visto comprometida sin el trabajo de Yatish", afirma David Haussler, director científico del UC Santa Cruz Genomics Institute, que trabajó con Turakhia en el proyecto. "El producto de su algoritmo, que nadie más podía hacer, es una imagen global de cómo se propagó el virus con todo detalle genético por todo el planeta".