En un estudio que muestra cómo la secuenciación del genoma completo podría ser utilizada en situaciones médicas de vida o muerte con recién nacidos, los investigadores en un hospital de Kansas (EE.UU.) han analizado los genomas completos de siete bebés que murieron poco después de nacer y, en unas 50 horas, han diagnosticado con precisión a cinco de ellos con afecciones críticas, un plazo lo suficientemente corto como para que tenga sentido intervenir en su cuidado médico.

En la actualidad, las pruebas genéticas en las unidades neonatales de cuidados intensivos pueden llevar un mes o más, un tiempo durante el que los padres esperan ansiosamente los resultados y los médicos intentan decidir cómo tratar con todos los medios disponibles a un niño que quizá no tenga futuro.

A pesar de que este uso de la secuenciación beneficiaría solo a un grupo reducido (recién nacidos con trastornos de un solo gen difíciles de diagnosticar), es una prueba inicial de que la secuenciación del genoma completo es viable para el tratamiento de pacientes en tiempo real a un coste realista, señala Stephen Kingsmore, autor principal del estudio y director del Centro de Medicina Genómica Pediátrica en el Hospital Mercy. La secuenciación, llevada a cabo en los Hospitales y Clínicas Infantiles Mercy en Kansas City, Missouri (EE.UU.), costará alrededor de 13.500 dólares por genoma (10.380 euros).

"Para aquellos de nosotros dedicados a la decodificación de genomas, ha sido extraordinariamente frustrante que, hasta ahora, la medicina práctica no se haya beneficiado de la secuenciación del genoma completo", señaló Kingsmore durante una conferencia de prensa telefónica este martes. "La importancia [de este estudio] es bastante sencilla. Ahora podemos considerar la secuencia de todo el genoma como algo relevante para la medicina hospitalaria".

La tecnología ya no es el factor limitante en la secuenciación del genoma completo, señala Mark J. Daly, codirector de genética clínica y de poblaciones en el Instituto Broad de Cambridge, Massachusetts (EE.UU.). El principal reto ahora es dar sentido a la gran cantidad de datos generados.

"Las máquinas son geniales, la tecnología también lo es. Pero no sabemos muy bien qué hacer con la información", asegura Daly, que también está afiliado al Hospital General de Massachusetts y la Escuela Médica de Harvard. "Estamos aprendiendo", añade.

Los investigadores de Mercy han abordado esta cuestión estrechando el campo de genes candidatos. Se centraron en aproximadamente 600 entre aquellos con más probabilidades de portar mutaciones cruciales y desarrollaron una base de datos para vincular los síntomas con los trastornos. Su intención final es ampliar su búsqueda a los 3.500 genes de enfermedades conocidos.

"La primera pregunta es, ¿qué gen deberíamos estar observando?", señala Neil Miller, director de informática en el Centro de Medicina Genómica Pediátrica en el Hospital Mercy y coautor del artículo. "La segunda cuestión importante es, ¿qué efecto tendría cada una de las variantes que hemos detectado en cada paciente sobre el gen en el que se produce?".

Miller ha desarrollado un programa de software con el que clasificar las variantes de genes en base ​​a la probabilidad de haber causado la enfermedad del niño. Esa combinación redujo la búsqueda a un puñado de variantes, las cuales podrían ser analizadas por un médico para hacer un diagnóstico.

Los bebés del estudio estaban muy enfermos o nacieron muertos, y todos acabaron muriendo, pero la secuenciación del genoma podría, en algunos casos, permitir a los médicos realizar tratamientos para salvar vidas en el futuro. 

Las familias que participaron en el estudio obtuvieron información importante del análisis genético, indica Carol Saunders, directora del laboratorio clínico en el Hospital Mercy y coautora del estudio. Una familia descubrió que sus otros hijos, en este caso sanos, podrían ser portadores de una forma extremadamente rara y letal de epilepsia. Otra descubrió que la mutación de su bebé no había sido heredada, por lo que era probable que tuvieran más éxito con otro embarazo en el futuro. Por último, en una tercera familia los investigadores identificaron la mutación que les hizo perder otros dos bebés. Esa familia puede ahora someterse a detección genética de preimplantación para asegurarse de que su próximo bebé no tenga la mutación.

El Hospital Mercy espera tener su propio equipo de secuenciación genética dentro de un mes aproximadamente y ofrecerá a otros hospitales el acceso a su sistema análisis poco después, indica Kingsmore.

David T. Miller, director adjunto del laboratorio de diagnóstico genético en el Hospital Infantil de Boston, elogió la investigación desde un punto de vista tecnológico y logístico, aunque se pregunta cuál será su grado de utilidad exactamente. La mayoría de las decisiones médicas en la unidad de cuidados intensivos neonatales no dependen de que un análisis genético se haga en un día o dos en vez de en un mes, y Miller asegura que no será fácil diagnosticar a otros pacientes incluso con una secuencia de todo el genoma. "Supongo que todo dependerá del coste comparado con el beneficio y de si se logra o no un equilibrio", comenta Miller, que no estuvo involucrado en la investigación.

Daly afirma que el beneficio potencial de una rápida secuenciación del genoma completo es tan alto que vale la pena hacerlo incluso si la tecnología no está aún optimizada. "Incluso si solo tiene éxito una vez de cada 100, a eso no se le puede poner precio", concluye Daly.